慶余年水底的秘密是禁忌之門(mén)。葉輕眉在給范閑的書(shū)信中提到了太平別院湖底,湖底存在著禁忌之門(mén),也是一切秘密的最終所在。太平別院是葉輕眉曾經(jīng)居住的地方,也是她與慶帝、陳萍萍、范建等人年輕時(shí)逍遙的地方。葉輕眉將最終的秘密留在了太平別院的湖底。這個(gè)禁忌之門(mén)與范閑來(lái)到這個(gè)世界有關(guān),涉及到范閑上輩子得了絕癥,精神“穿越”到葉輕眉兒子身上的情節(jié)。然而,具體的水底秘密并沒(méi)有在提供的搜索結(jié)果中得到明確的描述。