連接境智網(wǎng)(wǎng)在Playmaker的活躍之下雖然恢復(fù)(fù)安定，但因?yàn)闈h諾騎士的計(jì)劃而受到毀滅性的損害。SOL技術(shù)(shù)公司在此重建「連接境智網(wǎng)(wǎng)」后開放新生連接境智網(wǎng)(wǎng)。脫胎換骨的決斗世界中人們發(fā)(fā)出歡呼，再次充滿了活力。然而，就在那新生連接境智網(wǎng)(wǎng)里，理應(yīng)(yīng)是救過網(wǎng)(wǎng)絡(luò)(luò)的Playmaker反而遭到懸賞通緝……

　　Playmaker追上襲擊草薙弟弟仁的神秘人物并挑戰(zhàn)(zhàn)決斗。然而，神秘人物使用的未知之卡迫使他陷入苦戰(zhàn)(zhàn)。尋找勝利突破口的Playmaker使用由Ai交給自己的新卡就此轉(zhuǎn)(zhuǎn)守為攻！

　　Playmaker跟在奪走仁的意識并自稱鮑曼的決斗者后面追趕。然而，他被自己面前新出現(xiàn)(xiàn)的2名決斗者擋住去路。就在那時(shí)，神秘決斗者Soulburner趕到，代替Playmaker接受決斗。那位Soulburner的決斗盤上，居然有伊格尼斯！？

　　轉(zhuǎn)(zhuǎn)學(xué)(xué)到和游作相同學(xué)(xué)校的穗村尊的真正身份就是出手幫過Playmaker的Soulburner。成為游作同學(xué)(xué)之后的他跟自己擁有的伊格尼斯一起開始向游作講述有關(guān)(guān)電子界世界崩潰以及新敵人存在的事。

　　成為SOL技術(shù)(shù)公司賞金獵人的Go鬼冢找到通緝中的Playmaker和Ai并強(qiáng)(qiáng)行要求決斗。但在那時(shí)，Go鬼冢的面前卻有Soulburner出來阻擋并為了保護(hù)(hù)Playmaker而挑起決斗。

　　Go鬼冢操縱ダイナレスラー(恐龍摔跤手)卡組發(fā)(fā)動猛攻，Soulburner靠著転生炎獣(轉(zhuǎn)(zhuǎn)生炎獸)的效果熬過去。面對為了證明自己最強(qiáng)(qiáng)緊逼而來的Go鬼冢，有著輸不得理由的Soulburner給自己的拳頭附上了逆轉(zhuǎn)(zhuǎn)的火焰！

　　賞金獵人血腥牧人強(qiáng)(qiáng)迫懸賞的通緝犯Playmaker進(jìn)(jìn)入決斗。他預(yù)(yù)測了Playmaker的布陣，以ドローン(無人機(jī)(jī))卡組的協(xié)(xié)作連環(huán)(huán)技來徹底封鎖Playmaker的戰(zhàn)(zhàn)略。

　　血腥牧人徹底調(diào)(diào)查過Playmaker的卡組。在他的無人機(jī)(jī)卡組面前，Playmaker束手無策。被步步逼近的無人機(jī)(jī)追擊給逼到極限的Playmaker為了攻破血腥牧人的作戰(zhàn)(zhàn)計(jì)劃，在此實(shí)(shí)行了某個(gè)秘策。

　　Playmaker和Soulburner來到狂風(fēng)(fēng)怒號的懸崖上，依靠不可思議的力量終于到達(dá)(dá)遺跡并且開始對其展開調(diào)(diào)查。在遺跡的深處迎接那倆人的是意想不到的人物。

　　Soulburner接受了來自風(fēng)(fēng)之伊格尼斯的委托，跟入侵到風(fēng)(fēng)之區(qū)(qū)域的藍(lán)(lán)色少女開始了決斗。Soulburner雖然受了淘氣仙星的傷害但呼喚出転生炎獣ヒートライオ(轉(zhuǎn)(zhuǎn)生炎獸熾熱多頭獅)發(fā)(fā)動攻勢。然而，藍(lán)(lán)色少女不把熾熱多頭獅的攻擊放在眼里，還用克服弱點(diǎn)(diǎn)的淘氣仙星新戰(zhàn)(zhàn)術(shù)(shù)逼得Soulburner走投無路。

　　Playmaker終于找到了鮑曼的住處，并為拿回遭人奪取的草薙仁意識而挑戰(zhàn)(zhàn)決斗。Playmaker在過去與鮑曼的決斗中勝利過，于是他一邊預(yù)(yù)測對手的戰(zhàn)(zhàn)術(shù)(shù)一邊進(jìn)(jìn)行決斗，但面對鮑曼得到比以前決斗更大幅度強(qiáng)(qiáng)化之后的決斗，他反被逼得走投無路……。隨后，鮑曼開始講述自己的過去。究竟鮑曼的真正身份是……

　　Playmaker由于改變面貌的鮑曼發(fā)(fā)起的猛攻而受到巨大傷害。即便如此他仍為了勝利而激起斗志，去突破那兇惡ハイドライブ(驅(qū)(qū)動龍)的布陣。然而就在這時(shí)，鮑曼采取了令人吃驚的行動。

　　過去發(fā)(fā)生讓電子市陷入恐慌的異身事件。自此之后，漢諾三騎士(ハノイの三騎士)的病魔作為主謀之一被監(jiān)(jiān)禁在收容所。就在她處于嚴(yán)(yán)格監(jiān)(jiān)視下的時(shí)候，某名男子在其面前現(xiàn)(xiàn)身……

　　調(diào)(diào)查關(guān)(guān)于Playmaker真正身份一事的別所惠麻和財(cái)前葵盯上了夸口自稱Playmaker摯友的島直樹。隨后，惠麻變身為幽靈少女找到身為島所用虛擬形象的神勇大將，對其提出決斗。

　　Playmaker和Soulburner收到草薙的聯(lián)(lián)絡(luò)(luò)之后前往新出現(xiàn)(xiàn)的大門。可是，Soulburner被血腥牧人設(shè)(shè)在那里的陷阱給捉住。隨后血腥牧人開始探查Soulburner被隱藏的記憶……

　　Playmaker為了救出被囚禁的Soulburner而向賞金獵人劍持(剣持)和鎧坂(鎧坂)發(fā)(fā)起挑戰(zhàn)(zhàn)。另一方面，Soulburner因?yàn)檠饶寥说南葳灞煌诔鲭[藏的過去記憶！在被看穿弱點(diǎn)(diǎn)的不利狀況中，Soulburner和血腥牧人的決斗開始了……

　　血腥牧人探查Soulburner的記憶從而看穿他的弱點(diǎn)(diǎn)，通過無人機(jī)(jī)怪獸的兇惡連環(huán)(huán)技建立了壓倒性的優(yōu)(yōu)勢。Soulburner陷入令人絕望的狀況之中被逐步逼向走投無路的境地。他能否克服弱點(diǎn)(diǎn)贏得決斗勝利呢……！？

　　某日，游作和尊打算去草薙那里，島出現(xiàn)(xiàn)在面前叫住了游作。尊只好一個(gè)人過去，還向草薙問了關(guān)(guān)于與游作相會的事。草薙講述的那段內(nèi)(nèi)容是他與Playmaker的過去。

　　被記述為都市傳說的連接境智網(wǎng)(wǎng)沉睡的神秘迷宮，布滿機(jī)(jī)關(guān)(guān)的種種陷阱。以及，在那前方等待著的東西是……。從草薙口中講述的Playmaker誕生秘史在此終于真相大白！？

　　Ai對網(wǎng)(wǎng)上寫的情報(bào)進(jìn)(jìn)行調(diào)(diào)查，有一次，它發(fā)(fā)現(xiàn)(xiàn)了有關(guān)(guān)伊格尼斯的可疑文章。Playmaker和Ai為了確認(rèn)(rèn)那段文章的真?zhèn)味巴B接境智網(wǎng)(wǎng)，想不到等待他們的是地之伊格尼斯……

　　地之伊格尼斯從水之伊格尼斯那里知道了電子界世界的危機(jī)(jī)。為了看清人類是哪種存在，決定向Playmaker挑戰(zhàn)(zhàn)。Playmaker受到Gゴーレム(G石人)攻擊而陷入危機(jī)(jī)。

　　Ai從決斗盤中突然失蹤。查到此事原因出在其他伊格尼斯身上，Playmaker為了搜索艾而前往連接境智網(wǎng)(wǎng)遇到光之伊格尼斯。在此Playmaker得知了光之伊格尼斯的目的以及電子界族世界崩潰一事背后隱藏的真相！

　　正在Playmaker和Ai處于危在旦夕之時(shí)，雷電從天上劈了下來，阻止了Lightning和windy行為，待閃電的光芒散去，來者便是以全新的姿態(tài)(tài)出現(xiàn)(xiàn)在他們的Revolver。

　　Lightning向Revolver使出困住Playmaker和Ai相同的程序，被程序擊中的Revolver一揮手程序便消失了。

　　“沒有任何對策就沖進(jìn)(jìn)敵人的老巢，我才不會做出此種愚行的。”

　　“這說的……是我們？”

　　“應(yīng)(yīng)該是了。”

　　“把我家的孩子給關(guān)(guān)起來，膽子可真是夠大的啊。”

　　“誰！”Lightning把跟剛才一樣像光箭程序射向聲音的來源的角落方向。

　　但是，光箭還沒有擊中或者說是還沒有接近對方就消失了。

　　“真是沒禮貌。”來者角落的陰影出走了出來。

　　“！！！！”x2，Playmaker和Revolver倆人都很驚訝，因?qū)Ψ絞撬麄兌己蓯煜さ娜恕?p>　　“你是誰啊！”windy朝不知名的來者喊道。

　　“我名為霸王。好久不見，Playmaker，想媽媽我了嗎～”冷酷的向?qū)Ψ階暈醫(yī)榻B完后，立馬溫柔對自家孩子打招呼。你這態(tài)(tài)度轉(zhuǎn)(zhuǎn)變也太快了吧！！！

　　“媽媽！！！Playmaker，她是你媽媽嗎！？”

　　“是。”

　　“哦呀哦呀，沒想到Playmaker的母親會來呢，那么您的目的是？”

　　“我家孩子的后援。”說著溟海打了個(gè)響指，困住Playmaker和Ai的程序瞬間消失的無影無蹤了。

　　“謝謝，媽媽。”

　　“不用客氣，父母幫孩子是應(yīng)(yīng)該的。接下來，人類創(chuàng)(chuàng)造的伊格尼斯，有興趣跟我聊一個(gè)話題嗎？”

　　“什么話題？”

　　“題目‘人類’”

　　“！！！！”x5