除了鐵綱靖，還有一個人為太子、齊王的黨羽求情，此人就是尉遲敬德。

　　他在戰場上可說是神擋殺神、佛擋殺佛，殺人從來不曾手軟過，此刻竟然為對手動了惻隱之心。想當初太子府對他極為殘忍，不僅誣陷他，還給他上了披麻拷刑，如今他反而為太子府的人求情。

　　他爭辯道：“叛亂的元兇是太子、齊王，他倆既已伏誅，倘若再牽連黨羽，只怕天下難以安定。”

　　鐵綱靖非常贊同，道：“殿下，尉遲將軍說得不錯，想那太子早已暗中結納了不少駐守在外的將領，包括李藝等，若是株連黨羽，只怕李藝等內心惶惶，多半會選擇造反。如今我們大勢初定，若為了各地叛亂疲于奔命，加上道義不站在我們這邊，到時恐怕結局難料。”

　　李世民作為未來的天下雄主，大局觀超出常人，經鐵綱靖這么一提醒，當即下令，禁止追殺太子、齊王的黨羽，并立即以李淵的名義，頒發大赦天下的詔令。對李建成、李元吉所犯的“叛亂之罪”，只追究到太子、齊王，其余黨羽一概無罪，不予追究。

　　雖說對太子府余黨不問罪，但李世民對魏征耿耿于懷，提來審問，道：“魏征，你好大的膽子，為何要離間我兄弟，造成我們自相殘殺。”

　　魏征大病未愈，尚處病中，對李世民的責問絲毫不懼，舉止自若，坦然對答道：“太子終究是不了解秦王，若是早聽從我的建言，先下手為強，就不會有今日之禍了。”

　　鐵綱靖對魏征還是存有好感，又知他是歷史上最有名的諫臣，當心其說的話激怒李世民而被殺，立即站出來走到李世民耳旁低聲道：“殿下，你需要一面鏡子。魏征直言敢諫，將是你最好的鏡子。”

　　原本嚴肅冷面的李世民忽然轉變成親切的笑容，請魏征坐下后，才道：“魏洗馬敢作敢當，又是謀略過人，本王是佩服之至。本王向來愛惜人才，洗馬若肯不計前嫌，本王歡迎洗馬加入秦王府。”

　　本來以赴死之心而來的魏征聽到李世民要留用自己，心下自然歡喜，道：“多謝秦王厚愛，魏某榮幸之至！”

　　此前太子不聽從他的建議，他已有些后悔當初沒有追隨鐵綱靖加入秦王府。如今太子失敗，秦王沒有追究他過往的所作所為，反而禮遇他，令他頗為感動，決定誓死效忠秦王。

　　李世民將魏征引為詹事主簙，還派人去把此前流放的太子府屬王珪、韋挺召回，拜為諫議大夫。

　　大赦天下的詔令一下，加上李世民禮遇太子府僚屬，不明真相的天下百姓紛紛咒罵李建成身為太子為了當皇上心急造反，還罵齊王李元吉助紂為虐，一個個轉而大肆歌頌李淵和秦王李世民仁義無雙。

　　六月初五，也就是“玄武門之變”的第二天，逃出長安城的馮立看到大赦天下的詔令，又聽聞李世民禮遇魏征，放下心來，料想李世民不會當著天下人的面違背諾言，當即回京投降李世民。

　　李世民聽聞薛萬徹逃亡終南山，愛惜他是一員猛將，接連派使者前去詔諭，他才相信李世民的誠意，回長安城投降。

　　李世民對他們在玄武門的抵抗不再介懷，安撫道：“你們當時作為太子府屬，所作所為皆是忠于職守，實乃忠義無雙的義士，本王心中佩服萬分！”

　　諸事皆已平定，該殺的人也都殺了，該安撫的也安撫了，六月初六日，李世民在太極殿獨自一人坐了一天。他坐在大殿中央，看著前方高高在上的皇位，始終沒有選擇坐上去。他在等待，等李淵下詔禪位。

　　六月初七日，李淵沒有讓李世民等太久，下發了詔書，立李世民為皇太子，詔書還說：“自今軍國庶事，無論大小悉數委太子處決，然后聞奏。”

　　意思很明顯，大小國事由李世民決斷后，再告知李淵一聲就可以了。

　　此詔書一下，李世民雖然還未受禪，但已不啻于在行皇帝之實了。

　　詔書一下，李世民自是大喜，總算是不用與父皇李淵撕破臉皮。他每日看著太極殿的皇位，怕自己缺乏耐心，有一天會逼迫父皇禪位。如今李淵雖未行禪位之名，但已交出手中權力，實質上等于是禪位。

　　過了幾日，喜登儲君之位、掌控天下權力的李世民開始論功行賞，以宇文士及為太子詹事，長孫無忌、杜如晦為左庶子，高士廉、房玄齡為右庶子，“劉樹義”為左衛率，尉遲敬德為右衛率……又將齊王府查抄的金帛什器等分賜給“劉樹義”和尉遲敬德。

　　而天下間有些私心頗重的人開始利用李建成“叛亂”之名進行公報私仇，或者將此作為自己平步青云的踏腳石。

　　其中益州行臺仆射竇軌因與行臺尚書韋云起、郭行方有私人恩怨，利用韋云起宗族曾多人效力太子李建成的借口，誣陷韋云起參與李建成“叛亂”，直接命人將韋云起收監斬殺。而郭行方聽后，急忙逃亡到京師，才算躲過殺身之禍。

　　而鬧得更大的一起事件是幽州大都督、廬江王李瑗造反，被其部下右領軍將軍王君廓殺了，傳首長安，不過此事件背后另有重大隱情。

　　廬江王李瑗是李淵從弟，曾與趙郡王李孝恭合討蕭銑，但表現平庸，無功可述。他本是一個怯懦之人，昔日調到洛州任總管時，因劉黑闥來犯，嚇得立即棄城西逃。李淵念及他是李姓本支，沒有怪罪于他，轉而改派他任幽州大都督，又擔心他懦弱，不是帥才，派了王君廓輔佐他。

　　無能的李瑗自此是將王君廓引為心腹，還與他結為姻親，每次有什么謀劃，必然與王君廓商議。

　　太子李建成因“叛亂”被殺，李世民查得李瑗與李建成暗中來往甚密，便派使者前去幽州召李瑗進京。

　　膽小的李瑗猜不透李世民用意，擔心去了長安會被秋后算賬，便請來王君廓商議。