曹操接到兗州內亂的消息后，心中又驚又憤，驚的是這場叛亂之來勢洶洶，隨時可能使他失去立足之地；憤的是叛亂的領頭人竟是昔日一直支持他的摯友張邈，以及他給予了極度信任的謀臣陳宮。

　　張邈和曹操的關系原本十分親密，兩人既是故交，又是摯友。當初曹操在陳留起兵，張邈給予了大力支持。而在討伐董卓時，也只有張邈愿意派出一支隊伍與曹操同行，雖然隊伍人數不多，但也足以表明其對曹操的支持與友誼。在關東聯軍結盟之初，曹操是張邈的部屬，盟主袁紹曾為了拉攏曹操，而表示支持曹操將張邈取而代之，結果遭到曹操的嚴詞拒絕，張邈得知此事后，對曹操十分感激。

　　張邈

　　然而，在曹操擔任兗州牧之后，張邈對曹操卻生出了一些嫌隙。曹操原本是自己的部下，如今地位卻突然超過了自己，面對昔日朋友地位的變化，張邈心中逐漸生出不滿。同時，張邈也擔心終究有一天會被曹操所滅，這種擔憂和不安隨著曹操的攻城略地愈演愈烈。

　　陳宮曾因仰慕曹操的名聲而歸附，在為曹操謀取兗州之地的過程中更是功不可沒。但可惜，原本惺惺相惜的兩人卻因名士邊讓的死而心生嫌隙。邊讓是陳留人，曾任九江太守，和袁術頗有交情。曹操擊敗袁術時，邊讓在陳留隱居，得知袁術敗北的消息后，邊讓心有不平，便多次出言譏諷曹操。此事輾轉相傳，被好事之人上告了曹操，曹操得知后勃然大怒，立即下令以擾亂軍心的罪名將邊讓捕殺，此事還牽連了一干兗州名士。

　　陳宮與邊讓是舊識，同時又是士族統治的忠實擁護者，曹操此舉不僅對兗州士族造成了極大傷害，同時也傷害了陳宮對他的仰慕之情，陳宮因此而對曹操有了不滿。此外，陳宮與陶謙也素有交情，當初曹操第一次東征時，陳宮就曾極力勸阻，可惜未能成功。

　　種種事情加在一起，使得陳宮對曹操的怨憤與日俱增，于是，趁著曹操再次攻打徐州，后方空虛之際，陳宮便聯合兗州從事中郎許汜、王楷以及張邈的弟弟張超等人，準備反叛曹操。曹操東征時，為了防范北方的冀州、青州兩州軍隊伺機來襲，曾經交給陳宮一支部隊，駐守在東郡地區。不想，這支軍隊卻成了陳宮日后反叛曹操的資本。

　　懷抱著不同的心思和對曹操共同的不滿，張邈與陳宮一拍即合，共同興兵叛亂。為與曹操對抗，張邈還秘密派人前往河內邀請猛將呂布入主兗州。

　　那么，張邈等人又是如何與呂布交好的呢?

　　呂布

　　當初，呂布和王允殺死董卓之后，董卓的部將李傕、郭汜起兵打敗呂布，殺死王允，控制了朝政。呂布出逃后便前往揚州投靠袁術，袁術因呂布為人善變而拒絕接納他。之后，呂布又到北方投靠袁紹，袁紹想利用呂布的勇猛對付張燕的黑山軍，便收留了他。誰知呂布在打敗張燕之后，越來越目中無人，不僅縱容將士燒殺搶掠，并且還要求袁紹增加他的兵力，引起袁紹強烈不滿，遂對呂布起了殺心。一天，袁紹召見呂布，說接到了朝廷的詔令，要封呂布為舊都洛陽的司隸校尉，以表彰他攻滅黑山軍的功績。此后，袁紹更是派遣一隊精兵護送呂布前往洛陽“赴任”。當時，漢獻帝落在李傕等人手中自顧不暇，又怎么可能頒布什么詔書來封賞呂布呢？袁紹編出這樣的謊話不過是為了除掉呂布，而所謂的“護送精兵”自然就是為了將呂布“護送”到鬼門關。

　　還沒出冀州，呂布就察覺出了情況不對，于是在一天夜里趁著夜色趕緊和親信部下偷偷逃跑了。呂布打算前往河內投靠太守張楊，途經陳留的時候，張邈因忌憚呂布的勇猛，對他盛情款待，讓處于苦況之中的呂布非常感動。于是，呂布便與張邈相約，日后只要有事，必定相互協助。因此，在準備與曹操對抗的時候，張邈第一時間便想到了呂布。

　　張邈和陳宮在兗州都擁有非常高的聲望，尤其是在陳留和東郡兩地，更是擁有深厚勢力。曹操當初之所以能夠輕易取得兗州，主要也是依靠陳宮等人的支持和擁護。因此，曹操失去張邈和陳宮等人，無異于失去了兗州的大半民心。加之邊讓事件以及曹操在徐州大開殺戒等事，使得兗州各郡縣都深感不安。因此，張邈等人一起事就得到了一些郡縣的響應，很快，他們便占領了兗州絕大部分郡縣。只剩下荀彧和壽張令程昱等所駐守的鄄城、東阿、范城，以及夏侯惇駐守的濮陽仍在曹操的控制之下。

　　為徹底奪取兗州，陳宮親自領兵攻打東阿，派遣氾嶷攻打范城。與此同時，豫州刺史郭貢也率領數萬精兵進入兗州，向鄄城逼近。目前的形勢對曹操來說，十分嚴峻和危急。

　　曹操

　　張邈等人暗中迎呂布入兗州之后，隨即派人前往鄄城對荀彧說：“呂將軍來是為了幫助曹使君（曹操）共同攻打陶謙的，我們應立即為呂將軍提供軍糧。”眾人都非常疑惑，不知是真是假，唯獨荀彧頓生疑心，看穿了張邈等人的奸計，立刻下令軍隊加強防范，并將夏侯惇緊急調回鄄城。其時，曹操的家眷均在鄄城，夏侯惇得知情況后，自然不敢怠慢，即刻奔往鄄城，不料途中卻遭到了呂布截擊。夏侯惇奮力搏殺，無奈之下只得丟棄所有輜重往鄄城奔去。呂布迅速占領了濮陽，并繳獲夏侯惇所有輜重。

　　為了徹底擊垮夏侯惇，呂布派遣手下將領偽裝成逃兵前往夏侯惇軍營詐降。這些人去到營中后將夏侯惇劫持為人質，全軍震動，頓時亂作一團，不知如何是好。關鍵時刻，夏侯惇副將韓浩率部將大營團團圍住，并下令不許放走任何一名劫匪。韓浩對著營內的匪徒們大喝道：“你們不想活命了吧！竟敢如此為非作歹！不要以為劫持了將軍便能逃過一劫，我等奉命討賊，絕對不會為了一個將軍而姑息你們！”被劫持的夏侯惇聽到韓浩如此說，氣得眼睛瞪得如銅鈴一般。韓浩只是副將，如此得罪夏侯惇，心里也虛得慌，只得流淚對夏侯惇說道：“將軍啊，如今在國法面前我也是無能為力，還請您見諒?。　毖垡婍n浩沒有絲毫妥協的態度，而呂布又遲遲不來接應，營中匪徒只得繳械投降，夏侯惇也撿回了一條命。后來曹操得知此事，對韓浩大加贊賞，并下令左右，以后再遭遇這樣的事情，無須顧及人質，定要將賊人盡數誅殺。

　　夏侯惇逃過一劫后即刻奔向鄄城，抵達鄄城后，夏侯惇立刻下令整飭部隊，揪出了許多與張邈暗中通謀的將士官員，將其一并處死，這才將鄄城軍心迅速穩定下來。然而這時，郭貢的軍隊已經兵臨鄄城城下，軍中無不恐懼。此時，郭貢突然遣人來傳話，要求與荀彧相見。夏侯惇等人極力反對，恐荀彧遭遇不測。但荀彧卻認為，郭貢與張邈等人素無往來，此次領兵前來，無非是受到煽動，如今他既然要求與自己相見，必然是還未拿定主意，若趁機游說，即使未必能讓他成為盟友，也可使他保持中立，就此退兵。打定主意后，荀彧獨自前往郭貢軍營赴會，郭貢見荀彧孤身前來，且毫無懼色，心中不免對鄄城兵力有了幾分忌憚，認為鄄城必定難以攻破，于是引兵而去。之后，荀彧、程昱等人積極安撫范縣和東阿的軍心，才使得三城得以保住。曹操回到兗州之后，激動地對眾人說：“沒有你們的幫助，我將無安身之處??！”后封程昱為東平相，鎮守范縣，同時也封賞了荀彧、夏侯惇等人。

　　隨后，曹操親率主力軍隊奔赴濮陽，與呂布決一死戰。

　　興平元年（194年）六月，曹操大軍進攻濮陽。大將于禁領命率兵攻打呂布駐扎在城外南面的大營，于禁作戰勇猛，連續破呂布兩座大營；但青州軍領命攻打西面大營時，卻被呂布率兵打敗，損失慘重。

　　其后，曹操親自領兵夜襲城西大營，成功將其攻破。正當曹操準備撤退時，呂布突然趕來增援，兩軍進行了激烈的戰斗。雙方的激戰從黎明到正午，曹操軍隊漸漸無力招架，邊戰邊退。最后，在典韋的全力護衛下，曹操才得以脫險。之后，曹操拜封典韋為都尉，統領親兵數百人。

　　不久之后，濮陽城中一個田姓地主突然與曹軍聯系，自愿做曹操的內應來幫助曹軍攻破濮陽城。曹操大喜，立即下令左右布置攻城事宜，但沒想到，此人是呂布派來詐降引曹操入局的誘餌。曹操在此人的“接應”下帶兵涌入了濮陽城，中了呂布的埋伏，在巷戰之中險些被擒。經過激烈的廝殺后，曹操在眾將士護衛下逃出濮陽，曹操身受重傷，但總算是撿回了一條命。

　　之后，曹操又與呂布僵持了一百多天，雙方各有勝負。在此期間，全國范圍內發生了嚴重的旱災，曹軍與呂軍都面臨著缺糧的困境，無奈之下，曹操只得暫且率兵退回了鄄城。

　　就在曹操最為困頓的時候，袁紹突然遣人送來消息，希望曹操將其家眷遷到鄴城居住，以加強二人的同盟關系。袁紹此舉表面上是要“保護”曹操家眷，但實際上，卻是想以曹操的家眷作為人質，由此來控制曹操。

　　曹操哪會不知袁紹的不良用心，但如今，自己戰場失利，又逢嚴重災荒，軍隊已經出現了士兵叛逃的現象，處境十分困難，若不依附袁紹，恐怕難圖發展。

　　袁紹

　　就在曹操心生動搖，試圖歸附袁紹之時，眾部屬紛紛表示反對，尤其是程昱堅決不同意曹操的做法。程昱對曹操說道：“袁紹占據燕趙廣闊土地，有吞并天下的野心，但是以他的才智不足以成功。將軍難道甘愿居于他之下嗎？將軍智勇兼備，豈能如韓信、彭越之輩，屈居人下！現在兗州雖然殘破，但尚有三座城池，精銳將士也不下萬人，以將軍之勇，加上荀彧和我等都愿意為將軍拼死效力，只要再廣泛收羅人才，成就霸業又豈是難事！”程昱此言給曹操打了一針強心劑，權衡利弊之后，曹操終于打消了依附袁紹的念頭。

　　經過一段時間的休整后，曹操重整旗鼓，準備與呂布再次展開角逐，收復兗州失地。

　　濮陽前為鄄城，后靠袁紹，為免腹背受敵，呂布于興平元年（194年）將軍隊移到定陶附近的山陽駐扎，試圖向兗州東南方向發展。興平二年（195年）春天，曹操決定先攻打濟陰郡治定陶（今山東定陶縣西北），以擾亂呂布的判斷，然后再伺機攻擊呂布部屬的機動部隊。

　　面對氣勢洶洶的曹軍，駐守定陶南城的濟陰太守吳資退守南城，布下嚴密防線，曹軍未能攻下。呂布得知消息后急忙率兵增援，曹操趁呂布立營未穩，立刻發動騎兵突襲，呂布戰敗后退回山陽。

　　在攻打定陶的同時，曹操派遣曹仁率領部隊攻打山陽附近的另一座城池——句陽城。當時呂布的注意力都集中在定陶，因此句陽城很快就被攻陷。連失兩城的呂布見形勢不利，開始向東北方向撤退。

　　同年夏天，呂布決定反擊，他命令屬下薛蘭、李封屯兵巨野（今山東巨野縣），向曹操挑戰。呂布和陳宮認為，曹操喜歡打和敵軍主力互為犄角的機動部隊，因此，便用薛蘭等人作誘餌吸引曹操，準備等雙方展開激戰之時，再由呂布率領部隊乘機包抄。

　　然而，曹操這次卻改變了戰術。他留下部分軍隊繼續攻打定陶，又命令曹仁率領軍隊攻打巨野，自己則親率主力部隊埋伏在途中。當呂布率領軍隊向巨野逼近時，曹操出其不意地發動襲擊，很快，呂布軍隊開始潰散逃走。

　　曹操率領軍隊與曹仁會合后，集中全部力量攻打巨野，最后，巨野被攻陷，薛蘭等人全軍覆沒。為了預防呂布反撲，曹操命令一部分軍隊籌集糧食，自己則帶領其余士兵積極修建工事，做好防御措施。

　　這時，探子傳來了陶謙病死，并把徐州讓給劉備的消息。曹操便想借此機會進攻徐州，以解決軍糧的問題。最后在荀彧等人的勸阻下，曹操放棄了征討徐州的打算，全力應付兗州的局勢。

　　不久后，呂布和陳宮果然率領萬余精兵反撲攻城。當時，曹操的軍隊大部分都在外邊搶割麥子，留守的將士不足一千。情勢危急之下，曹操命令城中婦女登上城樓參與防守，以便集中兵力對付敵軍。

　　呂布行軍至城外大堤處，見地形奇特，密林叢生，恐怕曹操在林中布下埋伏，一時之間不敢貿然前進。于是，呂布便和陳宮商議，暫時在大堤十里處安營扎寨。

　　當天夜里，外出搶割麥子的一部分將士趕了回來，曹操立即進行軍事部署。他將一部分士兵暴露在大堤之外，大部分兵力則隱藏在大堤之內，借此誘敵來攻。第二天，呂布探聽到樹林中并無埋伏之后，便立刻下令士兵進攻。曹軍暴露在大堤外的部隊且戰且退，將呂布引誘到埋伏圈內，堤內眾軍一擁而上，將呂布殺得措手不及。倉皇應戰的呂布大驚失色，很快就敗下陣來，士兵傷亡慘重，曹操乘勝追擊，一直殺到呂布大本營。

　　呂布見大勢已去，便連夜與陳宮帶著殘兵敗將逃往徐州，準備投靠劉備。張邈見呂布大敗，很是驚恐，立即派弟弟張超帶領家屬退守雍丘（今河南杞縣，屬陳留郡），自己則逃亡徐州。

　　此后，曹操親率大軍攻陷定陶城。同年八月，曹軍攻打雍丘，張超率領殘部頑強抵抗。張邈得知消息后，急忙向呂布求援，但卻遭到了呂布的拒絕，張邈只好前往揚州向袁術求援。但還未行至揚州，就在途中被叛亂的軍士所殺。

　　十月，朝廷見曹操已經基本控制了兗州的局勢，便正式任命曹操為兗州牧。曹操忙向朝廷上書，再次表示了自己的忠誠。

　　十二月，在曹操數月圍攻之下，雍丘糧草殆盡、軍心渙散，張超見盼不來救兵，灰心自殺。曹操攻下雍丘后，將張邈和張超的家屬全部殺死。其后，曹操勢如破竹，兗州叛亂的郡縣相繼投降。

　　曹操終于收復了全部兗州失地，并獲得朝廷認可，名正言順地得到了兗州的控制權。至此，曹操才算正式獲得了與群雄逐鹿中原的“入場資格”，開始了其波瀾壯闊的宏圖大業。