在漩渦鳴人跟君麻呂激戰時進行支援，后更掩護鳴人追截佐助。在喝了酒(當時誤以為是綱手調配的藥)之后，使出威力強勁的醉拳跟君麻呂戰斗，但面對君麻呂的一身硬骨仍毫無辦法。此時因為砂隱村及木葉隱村再次結盟，化干戈為玉帛，砂隱村便派出手鞠、勘九郎、我愛羅三人，支援奈良鹿丸率領的木葉下忍們。

　　三人分頭協助木葉忍者，我愛羅就選擇趕到大草原上，支援和君麻呂戰斗中的李洛克。最后聯手重創君麻呂，君麻呂本想以最后絕招早蕨之舞解決我愛羅及李洛克，但本身亦因身患重病而死亡。宇智波林淵命令，凱班前往協助拯救被曉抓住的我愛羅。

　　然而，在途出遇上由曉組織首領佩恩以象轉之術幻化出來的另一個干柿鬼鮫——擁有和鬼鮫相同武器及忍術的替身。寧次、李、天天被冒牌鬼鮫的水牢術困住；而阿凱則以自身之力跟鬼鮫對戰。最后阿凱開至八門遁甲中的第六門“景門”，并以體術朝孔雀擊敗對方。寧次及李亦成功脫困，擊敗冒牌鬼鮫的水分身。

　　后凱班及旗木卡卡西、鳴人、櫻、砂隱村顧問千代一起到曉組織的秘密據點——對人柱力我愛羅施術的地方。該處被一道巨石封鎖入口，而且入口上及另外四處地方有咒印存在，要同時撕除這五張咒印方可使巖石打開。凱班便決定分別前往其于四處咒印所在地，及卡卡西則留在大巖石的咒印處，一起同時撕除這五張咒印。并讓小櫻擊碎巨石。就在咒印被撕除，櫻全力把巖石擊碎之際，其于四處咒印所在地發生了怪異現象。咒印附近出現了跟凱班每一個人一樣的分身，而且連忍術也跟他們一樣。

　　小李跟另一個自己對決。因分身只有撕開封印時所擁有的能力，故此李洛克最后憑著“要勝過昨天的自己”的信念，激勵凱老師、寧次及天天，并各自把自己的分身擊敗。最后凱班與卡卡西一行人成功將我愛羅帶回砂隱村。小李與隊員們因為任務沒回木葉，此時佩恩毀滅木葉已經告一段落。小李等人在村口發現受傷的日向雛田。及后鳴人回到木葉，他也在迎接的群眾行列內。第四次忍界大戰即將正式開戰，各忍村緊急組建忍者聯軍。李被分配到由卡卡西率領的第三部隊，與阿凱、櫻同隊，出發前為因之前開啟七門“驚門”而昏迷不省人事的阿凱擔心不已。遇上了桃地再不斬和白，櫻根據以往和第七班在波之國對抗再不斬的經驗，提醒李別讓再不斬有機可趁。

　　后來李作為增援部隊的一員來到戰場，對寧次的犧牲十分悲痛。之后得到鳴人的九尾查克拉，重新振作起來，在鳴人與凱的配合下，一腳把穢土轉生的宇智波斑踢碎成兩半，并切斷斑與帶土對十尾的控制。

　　斑后來復活并成為十尾人柱力。凱開啟七門迎戰斑，不敵，被李救下。之后凱開啟八門“死門”再次大戰斑，在李、我愛羅、卡卡西、穢土轉生的四代目火影的配合下，一腳重創宇智波斑，但仍沒成功殺死他。鳴人從死亡邊緣回來，及時出現救下阿凱的性命。之后由小李與我愛羅守護在凱身邊。斑發動無限月讀之后，包括李在內的幾乎所有人都中了幻術，在夢中夢見自己打敗了鳴人和寧次，并得到了櫻的青睞。

　　最終，李和凱、我愛羅等人都在無限月讀的解除而獲得解放。第四次忍界大戰也以忍者聯軍的勝利而結束。

　　而少年時期鹿丸是以一個沒有斗志、總在抱怨麻煩的人，與漩渦鳴人同時從忍者學校畢業，性格懶散，悠閑的他卻是個天才。可是在中忍考試期間鹿丸表現出了他出色的戰略家頭腦。

　　中忍預選賽中，他對陣音忍金，利用金控制鈴鐺的線在地下的投影，成功發動影子模仿術，并且利用兩人與墻壁的距離差擊敗了金。鹿丸在與手鞠的比賽中更加體現了他的才智。一開始他好像徒勞地嘗試一個又一個戰術，努力抓住手鞠，可實際上是讓她移動到某個位置，通過地洞從后面用影子抓住她。之后他草草放棄比賽，并解釋了他放棄比賽的原因——盡管他想好了200個不同的策略，可無奈他過度使用影子術致使他的查克拉耗光。其次，他不想傷害女人。理所當然地怕麻煩是最主要的原因。盡管鹿丸放棄了比賽，但他精彩的戰略意識吸引了每個人，當然包括第三代火影。所以他是中忍考試后唯一一名晉升的下忍。之后，當砂忍和音忍的攻擊開始時，他是三個沒有中幻術的下忍之一。但是，他裝做仍然在中幻術使他可以躺在那避免打斗，直到小櫻試著解他的幻術時“詭計”才被識破，然后被帕克咬醒。他是木葉九名下忍中唯一在中忍考試后被提拔為中忍的人。鹿丸，鳴人，小櫻和卡卡西的忍犬帕克一起去阻止追趕我愛羅的佐助。可他們卻被九個音忍跟蹤。他分析自己的處境“我們這里只有一個傻瓜，一個毫無特色的女忍者，一只狗，還有……一向都是逃跑No.1的我了。”可是鹿丸最終選擇留下拖住音忍，盡管他知道這是最有可能喪生的任務。運用他的智慧，他成功的抓住其中八個音忍，而第九個卻藏在樹上。雖然他知道那個音忍的位置，但他在中忍比賽中消耗殆盡的體力無法使他繼續施術。就在他體力不支解開影子束縛術時，他的老師阿斯瑪及時趕到，瞬間擊敗最后一個音忍。連阿斯瑪老師也在心里贊嘆：“能做到這樣已經很了不起了！”鹿丸作為中忍的第一個任務就是營救佐助。他的隊員是鳴人，日向寧次，丁次，犬冢牙。任務的困難來自于“音忍四人組”的干涉。鹿丸在編隊時充分發揮了聰明才智，將每個人放在最適當的位置。最后，隊伍分散攻擊，并會使用幻術束縛對手。鹿丸戰斗中再次展示了精彩絕倫的戰術，并成功用影子抓住了多由也。但是，多由也的力量遠不止如此，她釋放了咒印狀態2，直接強行解開影子束縛術。之后鹿丸中了幻術而不能移動，可就在多由也用苦無刺向鹿丸時，她停住了。原來鹿丸用影子折自己的指頭，用疼痛驅散幻術。等多由也一靠近，他又使用忍術抓住多由也。距離的減少使忍術束縛更強，并可使用升級版的影子鎖喉術。不過多由也的力量依然強于鹿丸，兩人僵持一段時間后，鹿丸查克拉耗盡，忍術被解，正當這時，一陣風將多由也卷走，援軍居然是手鞠。結果當然是以手鞠的勝利而告終。雖然鹿丸盡了最大的努力，可當他回到木葉時依然很痛苦——不僅是任務失敗了，而且他的隊員們也都傷痕累累，有的還面臨死亡，包括他最好的朋友丁次。若不是我愛羅他們及時支援，他們大概都會被音忍消滅掉。

　　知道這樣的結局后，鹿丸準備放棄做忍者，可他卻被手鞠嘲笑為在困難面前低頭的懦夫。他無可爭辯，正欲離開，他父親的話傳入耳畔：“如果你放棄了忍者，那么會有另外一個人帶領你的朋友繼續任務，若是一個差勁的隊長，你的朋友也會死。你只有增強你的能力，才能保護你的朋友。”當得知朋友們轉危為安時，鹿丸流下淚水，下定決心成為更優秀的忍者。他學會了新的忍術，“影縫”，使他可以用影子刺穿多個敵人。鹿丸第一次展示這個忍術是毀壞佐井畫的獅子。作為中忍，他還要負責為中忍考試當“志愿者”。

　　雖然鹿丸是第一個當上中忍的，兩年后他仍然是中忍，鹿丸告訴鳴人，他是參加中忍考試那些人當中唯一一個還未升級的人了。一次，在鹿丸與阿斯瑪下將棋時，阿斯瑪告訴鹿丸，如果將木葉忍者比做棋子，鹿丸以他不拘一格的靈活的思考方式，作為威力不大但能跨越其他棋子移動的桂馬，而阿斯瑪自比為用來當炮灰的成銀。而對最重要的玉，阿斯瑪賣了個關子。之后，阿斯瑪，鹿丸，出云，子鐵開始了追殺“曉”的成員的任務。他們的目標是飛段和角都。一開始，他們用團隊合作束縛了飛段，當出云、子鐵將劍刺入飛段身體后，他們驚異地發現飛段是不死之身。角都出現，解開影子束縛，再之后阿斯瑪與鹿丸協同作戰，但阿斯瑪還是被飛段傷了一刀，于是飛段用血進行詛咒儀式，即對飛段的傷害都會轉嫁到阿斯瑪身上。情況危急，鹿丸再次使用影子束縛，千鈞一發之際救了阿斯瑪一命。在這種情況下，鹿丸展開分析，終于發現飛段詛咒儀式的一個弱點——必須在一個圓圈中進行。他于是艱難地將飛段拉出圓圈，接著阿斯瑪一斬，本應勝利了。可就在此時，角都再次出手，飛段依然未死。結果可想而知，雖然援兵到達，阿斯瑪還是因為“詛咒”而死。阿斯瑪在彌留之際，終于講出了誰是玉。鹿丸與他老爸下棋時，終于說出真相：“擔起木葉大梁的孩子們就是“玉”當隊伍回到木葉，鹿丸自己告訴了紅關于阿斯瑪的死訊，于是紅頓時傷心起來。阿斯瑪的葬禮，鹿丸并沒有參加，他只是一個人躺在草地上望著云，孤獨的吐著煙。阿斯瑪的死改變了鹿丸，就是這次意外，鹿丸開始認真的面對每一件事，性格有了一百八十度轉變了。這件事導致了鹿丸，丁次，井野三人組走上了復仇之路，目標是殺掉飛段和角都，之后鹿丸練習使用阿斯瑪留下的查克拉刃，使其能融入自己的查克拉，固定影子。他還查閱資料，制定了一套對付“曉”二人組的戰略。之后，豬鹿蝶組合踏上復仇之途。由于旗木卡卡西的加入，鹿丸迅速改變了策略，這令卡卡西都驚嘆不已。他給了卡卡西一個小東西，讓卡卡西趕緊使用。在另一方面，飛段和角都出發前往木葉。可即便他們非常小心，也被井野控制的鳥發現，于是戰斗開始。鹿丸通過一系列戰術的使用，成功地用吸收了自己查克拉的查克拉刃定住飛段和角都的影子，使兩人無法移動。鹿丸用影子模仿術控制飛段，使其攻擊角都。就在攻擊差點得手的時候，角都破壞了查克拉刃，從而免于傷害。于是丁次進行攻擊，角都用土遁把身體硬化，又安然無恙。角都開始反擊，但是被卡卡西的雷切及時打中，倒地不起。可是角都只是裝死，在卡卡西接近飛段時迅速攻擊。這時，鹿丸也到極限了，影子束縛解開，飛段和角都聯合攻擊，展現了恐怖的能力——角都背后出來的怪物居然可以使用多種屬性的查克拉。原來卡卡西打倒的只是其中一個怪物，那些怪物是用其他人的經脈系統做成的。接著，鹿丸改變策略，決定引開兩人。于是鹿丸再次上陣，成功的抓住飛段，并將他引到遠處，用起爆符將他與角都隔離。可就在那一瞬間，影子模仿術到了極限，飛段拔出刀刺向鹿丸，鹿丸倒下，臉上留下一絲血跡，飛段迅速完成儀式，用刀向胸口插去，可受傷的卻是角都。原來鹿丸使用了卡卡西采集的角都的血液，被“詛咒”的只是角都而已。卡卡西告訴角都他們低估了鹿丸，因為鹿丸不會浪費阿斯瑪用生命換來的情報。飛段還沒明白發生了什么時，鹿丸躍起，用查克拉刃割向飛段，但割得過淺，飛段只是流血而已。不過飛段再次被鹿丸用影子抓住。但這次，鹿丸查克拉的極限使飛段居然可以移動，并走近鹿丸，舉起利刃向下插時，鹿丸使用新忍術影子拉近術將周圍的起爆符拉攏貼在飛段身上，然后用刀啟動一個機關，使飛段身下出現一個大洞。此時出現阿斯瑪的幻象，他對鹿丸說，干得好，然后消失了。鹿丸點燃阿斯瑪留給他的打火機，向飛段扔去，起爆符全部爆炸，飛段被埋在深深的地洞中。