朱允炆繼位幾個月后，在老師的建議下，為確保中央集權、避免皇叔們造反，開始了削藩。

　　他清楚四叔燕王朱棣的勢力最為強大，因而也最為棘手、不能莽撞行事，于是朱允炆選擇了從勢力較小的藩王開始，但這也為朱棣集結部隊提供了時間。

　　先后五個藩王勢力被削弱期間，朱棣察覺到了自己地位危殆，暗中緊張準備著。但在此之前，朱棣對皇位便有了覬覦之心。他招降蒙古士兵來擴充部隊，并與宦官內外勾結來把握侄子的動機、策略。

　　朱棣準備好一切之后，卻因自己三個兒子還在應天做人質而沒有出動。他利用朱允炆善良寬厚的性格，在建文元年和建文二年搞了許多小把戲，又是裝病重，又是裝瘋癲，“可憐兮兮”的請求建文帝遣返自己的兒子。

　　“當局者迷，旁觀者清”，或許朱允炆被朱棣的假象所蒙騙，認為皇叔無意爭斗，也沒能力再進行爭斗，便想要滿足他與兒子團聚的心愿。結果，這一選擇，使得朱棣造反再無顧忌，也使自己陷入了被動。

　　兩個月后，燕王以“清除朝廷奸佞官員”為借口，對鄰近州縣發動進攻。從此開始了長達三年的血腥的軍事對抗，后來這場戰役被掩飾而說成“靖難”之役。

　　朱元璋在位期間，給予僧侶、道士優厚的待遇，使得大量土地被占據。而朱允炆繼位后進行了管約限制，勞苦百姓分得了土地，卻引發這批群體的不滿，紛紛轉入朱棣的軍隊中，為朱棣提升了兵力。

　　朱棣年少時在宮廷中接受了最好的通才教育，二十歲就開始藩守衛封地，老將的輔弼指點、親自指揮對蒙古人的戰斗使他在軍事上表現出卓越的水平，加上長期在燕地的磨練、生存，他的性情剛勁狠猛、殺伐決絕。

　　而朱允炆從小就成長在平和富貴的環境下，加上年齡尚小，缺少歷練，亦不知人心算計是多么陰險深重。因而朱允炆在軍事、謀略、處事見解上自是比不過四十多歲的皇叔。